À la suite du terrible incendie de l’année 1675 on a pris la décision de construire un nouveau monastère. Son placement a été choisi dans un lieu prochain, connu comme la Plaine de Saint Indalecio, une belle prairie située sur la grande roche qui réunissait des conditions convenables pour commencer une nouvelle vie.
La construction de la nouvelle usine a été commencée à l’année 1676. La durée des travaux est arrivée jusqu’aux premières années du XIXe siècle, et pendant tout ce temps les moines ont reçu l´assistance technique de nombreux professionnels, étant fondamental la tâche de l’architecte de Saragosse Miguel Ximénez, qui a conçu cet ensemble monastique.
Le plan du bâtiment constitue un des exemples les plus parfaits et évolués de l’architecture monastique dans l’Age Moderne, par sa symétrie, par la multiplication de ses cloîtres et par l’organisation rationnelle que possédait le projet original, lequel malheureusement, n’a jamais pu être réalisé avec succès dans sa totalité.
La façade de l’église est un des aspects les plus intéressants du monastère baroque. À remarquer spécialement son exubérante décoration végétale basée en éléments enroulés en chapiteaux et différents types de fleurs, des feuilles d’acanthes et tiges, bien que nous trouvions aussi des formes figurées comme des têtes de puttis et de deux anges en train de soutenir un singulier blason dans la partie supérieure. Dans leurs niches, sont représentés trois saints très attachés aux moines qui habitèrent entre ces murs. Dans le portail central il y une représentation de Saint Jean Batiste (patron de cette Communauté), à gauche il y en une de Saint Indalecio (invocation de la prairie dans laquelle se situe le bâtiment), et à droite une dédiée à Saint Benoît. (Fondateur de l’ordre monastique qui se professait à San Juan de la Peña).
Les dépendances ont été abandonnées à l’année 1835 et à partir de ce moment le bâtiment a commencé à se détériorer progressivement pour rester dans un pénible état de ruine vers le milieu du XXe siècle. Après une profonde réhabilitation, entreprise par le Gouvernement d’Aragon, le Nouveau Monastère de San Juan de la Peña loge dans son intérieur le Centre d’Interprétation du « Monastère de San Juan de la Peña ».
