L´ensemble, situé sur le surplomb du rocher qui lui donne son nom, comprend une vaste chronologie qui est entamée dans le Xe siècle, et il est parfaitement intégré dans son exceptionnel environnement naturel .Dans son intérieur se distinguent l’église préromane, les peintures de Saint Cosme et de Saint Damian, du XIIe siècle, l’appelé Panthéon des Nobles, l’église supérieure, consacrée en 1094, et la chapelle gothique de San Victorián, mais ressort surtout le magnifique cloître roman, œuvre de deux ateliers différents. À tout cela il faut ajouter d’autres bâtiments postérieurs aux siècles médiévaux, entre lesquels il convient remarquer le Panthéon Réel, de style néoclassique, érigé dans le dernier tiers du XVIIIe siècle.
Les origines authentiques du monastère sont perdues dans l’obscurité des temps du Haut Moyen Age et lui on a supposé refuge d’ermites, bien que les données historiques nous conduisent à la fondation d’un petit centre monastique consacré à Saint Jean Batiste dans le Xe siècle, dont survivent quelques éléments. Ruiné à la fin de ce siècle, la refondation du Monastère a été réalisée sous le nom de San Juan de la Peña par le Roi Sanche de Navarre dans le premier tiers du XIe siècle. Ce Monarque a été celui qui a introduit dans le monastère la règle de Saint Benoît, norme fondamentale à l´Europe médiévale. Tout au long de ce siècle, le centre s’est étendu avec de nouvelles constructions en se transformant en panthéon de Rois et monastère préféré de la naissante monarchie aragonaise qui l’a doté avec de nombreux biens.
Considéré par la tradition comme le berceau du Royaume d’Aragon, il a été arrêt habituel du Chemin de Saint-Jacques -de -Compostelle et considéré un lieu de légendes, et entre elles il faut remarquer celle qui lie ce lieu avec le Saint Calice.
Une date significative a été celle de du 22 mars de 1071, quand le Monastère de San Juan de la Peña a été le scénario de l’introduction, pour la première fois dans la Péninsule Ibérique, du rite liturgique romain, utilisé dans toute l’Église d’Occident, qui mettait fin à l’ancien rite Hispanique Visigoth et supposait l’obéissance définitive de l’église aragonaise aux règles marquées par le Pontificat.
Toutefois, une certaine décadence est commencée à partir de la seconde moitié du XIIe siècle laquelle s’est accentuée dans la période suivante, et encore plus à partir du XIVe siècle. Les notes caractéristiques de cette époque ont été la fin des donations, les pertes patrimoniales, les multiples procès devant de nombreuses instances, et spécialement avec les évêchés où étaient situées ses propriétés (Jaca – Huesca, Pampelune et Saragosse), les dettes, la détérioration des constructions par leur situation particulière et divers incendies qui furent dévastateurs.
Avec le dernier de ces incendies, en 1675, et lequel dura trois jours, on a perdu l’habitabilité nécessaire pour la vie monacale, c´est pourquoi on a planifié la construction du Nouveau Monastère.
