El Real Monasterio de San Juan de la Peña es un formidable templo románico enclavado en una piedra, particularidad que le da nombre, y alberga una de las estancias más importantes para la historia de Aragón. Se trata del Panteón Real, un lugar destinado al enterramiento de los primeros reyes de Aragón. En origen medieval, el estilo neoclásico que hoy se aprecia en la sala es resultado de la renovación que llevó a cabo el rey Carlos III en este espacio, en el año 1770. Aquella reforma dejó ocultas las tumbas antropomorfas en las que los primeros reyes y sus familias fueron sepultados.
Entre el actual panteón real neoclásico y la roca en el mismo nivel y planta donde se levantó la iglesia románica, se ubicó una necrópolis que ha sido considerada como el lugar de enterramiento de los primeros reyes de Aragón, el panteón real medieval, un espacio excavado en la roca que fue elegido como lugar de sepultura por Ramiro I, Sancho Ramírez y Pedro I, quienes fueron allí sepultados junto a diversos miembros de la familia real.
El Panteón Real de San Juan de la Peña de estilo neoclásico que hoy podemos visitar, se encuentra en el piso superior del monasterio, en la antigua sacristía de la iglesia alta. La sala, con suelos de mármol y cielo con bóveda de medio punto, alberga los sepulcros de los monarcas integrados en uno de los muros del panteón. En ella, cada uno de los nichos está cubierto con una placa de bronce en la que se pueden leer sus nombres en sus correspondientes inscripciones. La pared opuesta está decorada con cuatro grandes relieves en estuco con escenas de la Batalla de Aínsa, la Aparición de la Cruz a Iñigo Arista, el Sitio de Huesca y la Jura de los reyes de Aragón. En la entrada, un relieve en bronce con el busto de Carlos III recuerda al monarca que costeó la remodelación de este panteón.
Una campaña arqueológica en 1985 recuperó los restos óseos cerámicos y otros objetos de la necrópolis medieval. Durante aquellos trabajos, los cuerpos de los reyes aragoneses Ramiro I, Sancho Ramírez y Pedro I, hasta entonces enterrados en el panteón medieval, fueron exhumados. En el año 2008, estos restos formaron parte de un estudio antropológico y genético encargado a la Universidad de Zaragoza por el Gobierno de Aragón. En total, los restos de los reyes aragoneses estuvieron 33 años fuera de sus tumbas, tiempo durante el que fueron sometidos a diferentes estudios antropológicos y forenses con el propósito de conseguir más información sobre los primeros linajes reales. Durante aquella investigación, además de la propia dinastía real, se encontró un grupo anterior de los siglos IX y X.
En la década de los años 80 se llevó a cabo la última restauración que se ha acometido en el Panteón Real hasta ese momento. Desde el comienzo de aquellos trabajos, sólo se podía visitar el recinto a través de unos cristales. Pero en marzo de 2017, el Panteón Real se pudo volver a visitar en su totalidad, y en junio de 2018 se procedió a la reinhumación de los restos del linaje de los reyes aragoneses. Así, Ramiro I, Sancho Ramírez y Pedro I, vuelven a descansar desde entonces en el panteón de San Juan de la Peña.
Actualmente la sala del Panteón Real es visitable y está totalmente acondicionada. El espacio anexo de la masadería expone varias laudas sepulcrales y muestra información sobre el linaje de estos reyes, así como los resultados del estudio de los restos que fueron exhumados.
El Monasterio de San Juan de la Peña, el más importante de Aragón en la alta Edad Media, forma parte del camino aragonés del Camino de Santiago.